باشگاه ورزشی پرسپولیس در دی سال 1342 به دست علی عبدُه در اوین و جاده قدیم شمیرانات بنیانگذاری شد. باشگاه اصلاً در بولینگ و چند ورزش دیگر فعال بود (بولینگ عبده) و یک تیم فوتبال در دسته دوم تهران داشت. مالک این باشگاه «شرکت سی.آر.سی» بود که به جز عبده، فاطمه پهلوی و همسرش محمد خاتم از سهامداران عمده آن بودند.

در آن سو، و در تاریخ 18 تیر 1346؛ باشگاه شاهین که در دهه 1340 بازیکنان زیادی در تیم ملی ایران داشت و در میان مردم محبوب بود، به دستور سازمان ورزش و تفریحات ایران رسماً منحل شد. با رایزنی‌های عبده با پرویز دهداری (مربی شاهین) و مسعود برومند (سرپرست شاهین)، بیشتر بازیکنان باشگاه شاهین به پرسپولیس پیوستند و باعث شهرت و محبوبیت آن شدند. دهداری مربی و برومند سرپرست پرسپولیس شدند و باشگاه توانست در مسابقات رده‌بندی دسته‌های کشور در گروه خود اول شود و به بالاترین دسته لیگ فوتبال ایران راه یابد. آن‌ها در مسابقات قهرمانی آسیا (مسابقاتی که میان تیم‌های ایرانی برای شرکت در جام باشگاه‌های آسیا برگزار شد) نیز قهرمان شدند و به عنوان نخستین نماینده ایران به جام باشگاه‌های آسیا رفتند.

دهه 1350

بازیکنان پرسپولیس در سال 1350. پرسپولیس در این سال با 13 پیروزی و 1 شکست از 14 بازی جام منطقه‌ای ایران 1350 به نخستین قهرمانی تاریخ خود رسید.

پس از کوچ بازیکنان پرسپولیس به پیکان، بازگشتشان اعلام حرفه‌ای‌گری و آماتوری دوباره و قهرمانی در جام منطقه‌ای، جام تخت جمشید در سال 1352 بازگشایی شد. در 5 دوره‌ای که از این جام برگزار شد، پرسپولیس همواره از بهترین تیم‌ها بود و به 2 قهرمانی (1352 و 1354) و 3 نایب‌قهرمانی (1353، 1355 و 1356) رسید. جام تخت جمشید 1357 نیز در حال انجام بود که با روی‌دادن انقلاب نیمه‌کاره ماند. پرسپولیس در این جام با یک امتیاز کمتر از شهباز دوم بود.

پس از انقلاب

دهه‌های 1360 و 1370

پس از انقلاب، بسیاری از بازیکنان تیم عوض شدند، اما توانستند در جام شهید اسپندی قهرمان شوند. با آغاز جنگ ایران و عراق و دهه 1360، لیگ فوتبال سراسری ایران تعطیل شد و پرسپولیس تنها در جام باشگاه‌های تهران شرکت می‌کرد. این باشگاه در 10 دوره برگزاری این جام در دهه 60، به 7 قهرمانی و 2 نایب‌قهرمانی دست یافت.

دهه 1370، برای باشگاه موفقیت‌آمیز بود و با یک قهرمانی در جام برندگان جام آسیا آغاز شد. پرسپولیس در 10 دوره جام آزادگان شرکت کرد و به 4 قهرمانی و 3 نایب‌قهرمانی دست‌یافت. این باشگاه در این سال‌ها از پایه‌های اصلی تیم ملی فوتبال ایران بود، تا جایی که در جام جهانی 1998 فرانسه 9 نفر از 22 بازیکن ایران در آن زمان عضو این تیم بودند. پرسپولیس در این دهه به 2 قهرمانی جام حذفی و 3 بار سومی جام باشگاه‌های آسیا نیز دست یافت.

دهه 1380

هواداران پرسپولیس در بازی با سپاهان در هفته پایانی لیگ برتر 87-86. پرسپولیس با برد سپاهان پس از 6 سال نخستین قهرمانی‌اش را به دست آورد.

با آغاز دهه 1380، لیگ برتر فوتبال ایران راه‌اندازی شد و پرسپولیس در نخستین دوره آن قهرمان شد. فصل بعد، پرسپولیس از نخستین دوره لیگ قهرمانان آسیا حذف شد و در لیگ نتایج خوبی نگرفت. این سال‌ها آغاز دورانی بود که سالنامه رسمی باشگاه آن را «دوران جدال با بحران» نامیده‌است، تا جایی که پرسپولیس حتی مقام 9^ام لیگ را هم تجربه کرد. دو فصل بعد، پرسپولیس در جام خلیج فارس 87-1386 به قهرمانی رسید و به لیگ قهرمانان آسیا 2009 راه‌یافت.